Do utworzenia rekombinowanego białka, potrzebny jest gen izolowany i klonowany do wektora ekspresyjnego. Znacząca większość takich białek w zastosowaniach terapeutycznych jest od ludzi, ale ulega ekspresji w innych organizmach, takich jak komórki zwierzęce, drożdże lub bakterie. Ludzkie geny są bardzo złożone , w ogromnej liczbie przypadków zawierają bardzo duże introny.
Dlatego także bezbłonową wersję genu w znaczącej liczbie sytuacji otrzymuje się przez zmianę mRNA w cDNA. Ten ostatni nie zawiera regionów regulatorowych, wektory ekspresyjne muszą dostarczać promotor, miejsce wiązania rybosomu i sekwencje terminatora. Wiele problemów wpływa na ekspresję rekombinowanych białek. Organizmy różnią się pod względem kodonów dla każdego aminokwasu, dlatego poziom odpowiednich tRNA zmienia się w współzależności od organizmu. O ile gen rekombinowanego białka wykorzystuje kodony, które są rzadkie w organizmie gospodarza, mała ilość tRNA zaczyna ograniczać szybkość ekspresji. Dodanie rzadkiego tRNA lub zmiana sekwencji kodującej genu, będącego przedmiotem zainteresowania może rozwiązać ten problem.
Gen dla rekombinowanego białka można także zmienić, ażeby uczynić białko bardziej stabilnym.Zmiana N-końcowego aminokwasu, usunięcie sekwencji PEST lub koekspresja molekularnego białka opiekuńczego, zwiększają stabilność białka. O ile zbyt duża ilość rekombinowanego białka wytwarzana jest zbyt szybko, może agregować do ciałek inkluzyjnych. Za pomocą regulowanych wektorów ekspresyjnych można kontrolować szybkość, z jaką tworzy się rekombinowane białko.
Źródło: Sekwencjonowanie genomów.